Po stránce harmonizace legislativy by vstup do Evropské unie neměl být pro Českou celní správu (ČCS) problémem. Svědčí o tom skutečnost, že kapitola 25, která je této oblasti věnována, byla již zdárně uzavřena. Celníkům však do budoucna dělají vrásky nejen nové kompetence v oblasti spotřebních daní, ale také povinnosti, které jim přinese aplikace Společné zemědělské politiky.
Podle náměstkyně generálního ředitele Vendulky Holé byla největším problémem při negociačních jednáních otázka celní unie se Slovenskem, respektive, co se stane, pokud by jedna ze zúčastněných zemí vstoupila do EU dříve: „Původně se jednalo o tom, že bychom požadovali přechodné období.“ Rozhodla analýza ministerstva zemědělství, ministerstva průmyslu a obchodu a hlavně stanovisko EU. To jednoznačně potvrdilo, že pokud bychom chtěli celní unii zachovat, bylo by to proti zásadám fungování jednotného trhu. Proto česká strana od požadavku dočasného zachování celní unie ustoupila. Přechodné období pro existenci celní unie by podle Holé nepožadovalo ani Slovensko, pokud by se v Unii ocitlo dříve než naše republika.
Vstup do Unie přinese ČCS mnoho nových povinností. Jednou z nejproblematičtějších budou dopady aplikace Společné zemědělské politiky (SZP). „Budeme muset kontrolovat, zda se na zboží, které překračuje hranice Unie, vztahují exportní dotace. Právo EU zde dává jednoznačně celníkům povinnosti ve fyzické i dokumentární kontrole. Celní orgány v EU mají dokonce předepsáno procento fyzických celních kontrol, které musí uskutečnit. Zda to opravdu udělaly, ověřují kontrolní orgány EU. Tato funkce celní správy je jednoznačně dána komunitárním právem a je stejná ve všech státech EU. V dalších kompetencích ve vztahu k SZP však existují určité národní odlišnosti. „Například v Německu a v Rakousku celní správy také proplácejí exportní dotace,“ poznamenala Holá s tím, že povinnosti ČCS v tomto směru budou záviset na koncepci, kterou zpracovává ministerstvo zemědělství. Německý expert, který na koncepci spolupracuje, podle Holé doporučuje spíše vytvoření jednoho fondu na MZe, který by všechny funkce plynoucí ze SZP koncentroval. Dalším oříškem budou podle Holé licence, jejichž správu pro všechny druhy zboží má ministerstvo průmyslu a obchodu. Podle SZP by však licence pro agrární výrobky měl mít zemědělský resort.
