Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) se zaměřil na nakládání s prostředky Státního fondu tržní regulace v zemědělství (SFTR) určenými na regulaci trhu s mlékem v letech 1998 a 1999. Kontroloři kladli důraz zejména na dodržování podmínek pro poskytování vývozních subvencí. Co ze závěru kontroly, který projednala vláda, vyplyne, závisí na ministerstvu zemědělství.
Podle Zdeňka Rodra z NKÚ se kontrola kromě samotného SFTR týkala namátkově vybraných jedenácti mlékáren, které byly v těchto letech do regulace trhu zařazeny.
Rodr uvedl, že NKÚ zjistil nedostatky jak u SFTR, tak u některých kontrolovaných mlékáren. SFTR například uzavřel se dvěma subjekty smlouvy na poskytnutí vývozních subvencí, přestože v rozporu s platnými zásadami regulace neměly vůči němu vyrovnané splatné závazky. Pravidla porušil fond také tím, že v loňském roce přijal v květnu do regulace trhu mléka Promil Nový Bydžov, ačkoliv jeho závazná přihláška neobsahovala všechny náležitosti uvedené v podmínkách zveřejněných v tisku. Přihlášku Promilu sice komise pro vyhodnocení závazných přihlášek nejprve vyčlenila, avšak po doplnění chybějících údajů (po uzávěrce) ve stejném složení rozhodla o dodatečném zařazení mlékárny. NKÚ rovněž poukázal na to, že fond vyjmul loni z regulace mléka v období od 15.7. do 30.9. šest subjektů, přestože splnily podmínky regulace. Důvodem vyřazení bylo nikoli fondem, ale úředníky ministerstva zemědělství dodatečně stanovené kritérium, které nebylo ani uvedeno v platných zásadách regulace pro dané období, a ani jej neschválila Rada SFTR. Podle tohoto kritéria neměl nárok na exportní subvence ten, kdo ve výrobcích navrhovaných na export výrazně preferoval podíl tuku v porovnání se spotřebou plazmy. Regulaci trhu mléka komplikovaly i časté úpravy podmínek - jen v loňském roce se zásady měnily šestkrát.
Některé mlékárny lhaly ve svých čestných prohlášeních, v nichž potvrzovaly v rozporu se skutečností, že v souladu se zásadami regulace mají vypořádány veškeré závazky vůči svým dodavatelům mléka. V roce 1998 tak neoprávněně získaly vývozní subvence mlékárny ORRERO a ITALAT CZ. Obě zmíněné mlékárny se stejným způsobem provinily i v následujícím roce, v němž se stejného prohřešku dopustila i Olma. Jihočeské mlékárny uzavřely loni v srpnu a září uzavřely s dodavateli mléka „dohody o ceně“, v nichž sjednaly úhradu části nákladů na dopravu mléka v paušální výši 0,30 Kč/l. Porušily tak zákon o cenách i platné zásady regulace.V přihlášce podané na výběrové řízení na subvencovaný vývoz pro poslední čtvrtletí loňského roku však tvrdily, že podmínku placení minimální garantované ceny za mléko splnily. V posledním čtvrtletí roku 1999 uzavřely s dodavateli mléka smlouvy,. podle nichž odebraly od zemědělců 77 % dodaného syrového mléka za stanovenou minimální cenu, zbylých 23 % pak ve zvláštním režimu podle smlouvy o koupi pasterovaného mléka. Za toto mléko museli dodavatelé uhradit mlékárně 0,45 Kč/l.
