Pomáhá používání biopaliv omezovat emise skleníkových plynů, nebo naopak je zvyšuje v důsledku změn ve využívání půdy nepřímo vynucených produkcí biopaliv? Podle některých studií se naděje, které Evropská komise vkládala do omezení emisí skleníkových plynů při používaní biopaliv, nemusí naplnit. V důsledku zvýšeného tlaku na společné suroviny pro potraviny i biopaliva první generace dochází nejen v Evropě, ale v celosvětovém měřítku k rozšiřování výměry orné půdy na úkor lesů a jiných přírodních stanovišť, které pohlcují oxid uhličitý, tedy hlavní skleníkový plyn. Například Mezinárodní institut pro potravinovou politiku (IFPRI) varuje, že právě nepřímé změny ve využití půdy způsobené výrobou biopaliv první generace mohou naopak způsobit nárůst emisí skleníkových plynů. Kvantitativní odhady tohoto dopadu však vycházejí z globálních modelů, nemusí tedy být přesné. Mluvčí komisaře pro zemědělství a rozvoj venkova Roger Waite připomíná, že některá biopaliva ve srovnání s klasickými pohonnými hmotami vydávají jen o málo méně nebo stejně emisí (například bionafta z palmového oleje, sóji a řepky). Naproti tomu emise spojené s bioetanolem jsou několikanásobně nižší než ty, které se váží k bionaftě. (Poznámka redakce: Odhlédneme-li od emisí, je třeba poznamenat, že energetické nároky na výrobu bioetanolu z obilí kryté klasickými zdroji zhruba odpovídají množství energie, která se nakonec z bioetanolu získá.)
Rada a Evropský parlament proto požádaly Evropskou komisi, aby vyhodnotila růst emisí skleníkových plynů v důsledku změn ve využití půdy nepřímo souvisejících s rostoucí produkcí biopaliv a navrhla legislativu, která by tento vliv omezila.
O nepřímých změnách ve využívání půdy a o věcech s nimi souvisejících debatovali komisaři v uplynulých dnech. Jak uvedl Roger Waite, tento problém se týká dvou směrnic spadajících do gesce dvou různých členů Evropské komise. Jde jednak o směrnici o obnovitelných zdrojích energie, která je v působnosti komisaře pro energii Němce Güntera Oettingera, a dále o směrnici o kvalitě paliv z gesce komisařky pro klimatické změny Dánky Connie Hedegaardové. Oba zmínění komisaři by měli co nejdříve předložit související návrhy úprav zmíněných směrnic.
Dnes používaná biopaliva první generace se v Evropě vyrábějí hlavně z obilí (bioetanol) a řepky (bionafta). Aby se uspokojila poptávka po potravinách a dalších nepotravinářských produktech vyráběných ze zemědělských surovin, je tedy třeba buď výrobu dále intenzifikovat, nebo zvýšit výměru orné půdy na úkor přírodních stanovišť. Obojí zvyšuje emise skleníkových plynů do atmosféry.
Směrnice č. 2009/28 o podpoře využívání energie z obnovitelných zdrojů stanovuje povinné cíle, které mají členské státy dosáhnout v této oblasti do roku 2020. Podíl energie z obnovitelných zdrojů má v unii dosáhnout 20 procent a v sektoru dopravy deseti procent. Zároveň však platí i směrnice č. 98/70 týkající se kvality paliv. Podle ní je třeba do roku 2020 snížit emise skleníkových plynů z dopravy o šest procent. Očekávalo se, že cíle obou směrnic pomohou splnit právě biopaliva.