Osm stávajících členských zemí EU porušuje závazky týkající se ochrany přírody v územích Natura 2000. Některé z nich stejně jako ČR ještě lokality, kde žijí vzácní živočichové nebo rostou chráněné rostliny, oficiálně nevyhlásily. Jiné nerespektují pravidla ochrany. Uvádí to na svých internetových stránkách Agentura ochrany přírody a krajiny, jež připravuje vyhlášení sítě Natura u nás.
Například Belgie dostala od komise varování kvůli tomu, že zákonem nevytyčila ptačí oblasti ve Flandrech. Už loni se případem zabýval Evropský soudní dvůr. Protože od té doby Belgie komisi neinformovala o nápravě, poslala jí komise oficiální varování před uložením pokuty. Také Lucembursko má nedostatky v legislativě okolo Natury 2000 a už kvůli tomu stálo před evropským soudem. Soudní pře s Bruselem kvůli ochraně ohrožených ptačích druhů čeká Irsko, zvláštní lokality tam úřady nevyhlásily například pro chřástaly polní a motáky pilichy. Zatímco průměrně pokrývají území sítě Natura osm procent rozlohy zemí EU, stejně jako činí návrh Natury v Česku, v Irsku to jsou pouhá tři procenta. Také v Itálii je síť chráněných území podle komise nedostatečná, chybí zvlášť v Lombardii a na Sardinii. Problémy mají Italové také kvůli projektu lyžařského letoviska v provincii Bolzano. Středisko má vyrůst v místě chráněném podle směrnice o stanovištích a směrnice o ptácích, Brusel zemi varoval, že stavba by měla negativní dopad na území. Pohrozil proto Itálii pokutou. Reputaci si Italové různými nápravnými opatřeními už začali napravovat v případu nadměrného čerpání vody z jezera Trasimeno v Umbrii. Čerpáním vody pro zavlažování a pití klesla hladina jezera tak, že byly ohroženy vzácné druhy tam žijících ptáků. Rakušany se komise rozhodla předvolat k soudu kvůli tomu, že pozměnili hranice území, kde žijí chřástalové a další vzácné druhy lučních ptáků, kvůli výstavbě silnice. Řekové se u soudu budou hájit před nařčením, že dostatečně nechrání mezinárodně významné mokřady v oblasti Soluně. Brusel je také viní z toho, že nechrání vzácné zmije na ostrově Milos. Británii Brusel nabádá, aby napravila nedostatek v zákonech a zařadila do svých předpisů zákaz obchodování s druhy volně žijících živočichů a rostlin, které nepocházejí z jejího území. Španělsko bylo předvoláno před soud kvůli tomu, že se v zemi může stále ještě lovit do ok. Česko má podle dohody s Evropskou unií ptačí oblasti vyhlásit do 1. května.