Nedostatečné státní dotace do zemědělství ve srovnání s Evropskou unií, špatně fungující trh se zemědělskými komoditami a dopady jarního sucha na letošní úrodu patří podle zemědělců mezi hlavní příčiny problémů tuzemského agrárního sektoru.
Svou nespokojenost s touto situací tak v uplynulém roce několikrát vyjádřili protestními akcemi, naposledy demonstrovali počátkem prosince proti zavedení systému mléčných kvót.
Podle Organizace pro hospodářskou spolupráci a rozvoj je odhad produkčních podpor v ČR proti EU poloviční, rozdíl je i v podílu celkových zemědělských podpor na hrubém domácím produktu. V roce 1990, kdy končila platnost dřívějšího systému, dosahovaly dotace ze státního rozpočtu 24,4 miliardy korun, o rok později jejich objem prudce klesl na 6,9 miliardy. Po radikálním snížení úrovně subvencování zemědělství poté činila státní podpora ročně zhruba pět až deset miliard korun. Loni dotace dosáhly více než 11 miliard korun, což bylo nejvíce od roku 1991.
Dotační politika byla začátkem 90. let zaměřená především na podporu restrukturalizace výroby a privatizace majetku. Dotační pravidla se postupně upravovala - zatímco například v roce 1992 bylo možné dotace poskytovat na 39 různých účelů, v následujícím roce již jen na 11. Dotace byly poskytovány jako splátky úvěrů, splátky úroků z poskytnutých úvěrů a návratná finanční výpomoc. V roce 1994 ministerstvo zemědělství dotace dále zredukovalo a zaměřilo je především na útlumový program (zalesňování, zatravňování) a zlepšování genetického potencionálu hospodářských zvířat a plodin. V následujícím roce se struktura pravidel pro přidělování dotací zhruba ustálila, ale nepodařilo se dosáhnout toho, aby prošla parlamentem. V roce 1997 byla přijata novela zemědělského zákona - dotace od té doby musí projít sněmovnou.
Významnou úlohu při přidělování agrárních dotací hraje Podpůrný a garanční rolnický a lesnický fond (PGRLF), který poskytuje podporu formou dotací k úrokům z bankovních úvěrů a záruk za úvěry. Nově vznikající Státní zemědělský intervenční fond (SZIF), který má nahradit současný Státní fond tržní regulace v zemědělství, by měl kromě regulace trhu zemědělských komodit zároveň poskytovat zemědělcům finanční podpory ze státního rozpočtu, ale také z peněz obdržených z Evropské unie.
Evropská komise již pověřila komisaře pro zemědělství Franze Fischlera, aby podepsal s deseti kandidátskými zeměmi ze střední a východní Evropy víceleté dohody o financování projektů zemědělského rozvoje z programu Sapard. Tento krok je nezbytnou podmínkou, aby peníze vyčleněné z letošního rozpočtu Evropské unie na tento účel nebyly ztraceny a mohly být vyplaceny příští rok, případně až v roce 2002. Ke skutečnému převodu prostředků však může dojít teprve tehdy, až každý kandidátský stát zřídí zvláštní platební agenturu pro správu prostředků ze Sapard a Evropská komise vyhoví žádosti o její akreditaci. Poté bude polovina vyčleněných peněz pro daný rok převedena jako záloha na zvláštní účet v eurech spravovaný Národním úřadem při ministerstvu financí, odkud pak budou čerpány zmíněnou agenturou na konkrétní projekty.
Z celkových 520 milionů euro (17 miliard korun) bude mít ČR nárok ročně na 22 milionů (770 milionů korun). Z programu Sapard budou přednostně financovány aktivity zaměřené na aplikaci a vynucování unijní zemědělské legislativy. V případě ČR bude skoro pětina směřovat do vylepšování kvality půdy, značné částky se plánují na investice ve prospěch zemědělských podniků a průmyslu zpracování potravin. Tyto priority jsou obsaženy v českém Plánu rozvoje zemědělství a venkova, který EU schválila loni v září. Poslanecká sněmovna ministru zemědělství pro příští rok schválila návrh podpůrných programů pro zemědělství ve výši 4,040 miliardy korun.
Loni v září sněmovna rovněž schválila návrh zákona, podle kterého vláda vydá dluhopisy za pět miliard korun. Peníze z těchto dluhopisů poslouží k částečné náhradě škod způsobených jarním suchem. Podle ministerstva zemědělství utrpěli zemědělci celkové škody za víc než 10,7 miliardy korun. Další škody zemědělcům hrozí také kvůli tzv. nemoci šílených krav (BSE). Spotřebitelé z obav před nakažením touto nemocí přestávají kupovat hovězí a jeho dodavatelé mají problémy s odbytem. Obavy mezi některými zemědělci vyvolává také zavedení systému mléčných kvót. Ministr zemědělství Jan Fencl sice tvrdí, že zavedení kvót je prospěšné pro trh s mlékem a nezbytné pro prosperitu zemědělců, soukromí zemědělci jsou opačného názoru. Členové Asociace soukromých zemědělců proti zavedení kvót protestovali v Praze a chtějí se obrátit na Ústavní soud.