NKÚ kritizoval také SFTR

Státní fond tržní regulace vzemědělství (SFTR) zařadil do regulace trhu mléka mlékárnu, která nesplňovala podmínky výběrového řízení, a naopak vyřadil šest mlékáren, které tyto předpoklady splnily. Na základě neověřených údajů zařadil fond do regulovaného trhu také mlékárny, které měly vůči SFTR nevyrovnané závazky. Uvedl to prezident Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) Lubomír Voleník.

Některé mlékárny navíc podle zjištění NKÚ uváděly nepravdivé údaje ve svých čestných prohlášeních na přihláškách do výběrového řízení na subvencovaný vývoz mléka nebo při čerpání vývozních subvencí.Například mlékárny OLMA a PML Nový Bydžov neplatily podle za dodané mléko ve stanovených termínech.
Kritériem pro zařazení do regulace trhu mléka byla do 30.dubna 1999 výše požadavku vývozní subvence na litr mléka. Přebytek mléka, který se měl vyřešit subvencovaným vývozem,stanovila pro dané období Rada SFTR. Od května však byla požadavkem výběrového řízení pouze úplnost závazných přihlášek na zařazení do regulace a Rada SFTR stanovila druh subvencovaného výrobku a výši vývozní subvence. Pokud požadavky mlékáren převyšovaly objem finančních prostředků SFTR, měly být subvence poměrným způsobem kráceny pro každý z výrobků. Tato změna se však nepromítla do zásad výběrového řízení. SFTR také podle NKÚ nedodržoval stanovené minimální nákupní ceny syrového mléka a různými způsoby je obcházel.