Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) prověřil, jak resort zemědělství hospodařil v letech 2007 až 2014 s penězi určenými na vzdělávání a poradenství v oblasti zemědělství. Zaměřil se jak na evropské dotace poskytované prostřednictvím Programu rozvoje venkova (PRV), tak na národní dotace a dotace určené nestátním neziskovým organizacím. Kontroloři prověřili 77 projektů, které na dotacích získaly celkem více než 60 milionů korun. U příjemců dotací pak NKÚ prověřil v rámci 13 projektů téměř devět milionů korun. Podle NKÚ kontroloři zjistili, že MZe rozdělilo na dotacích 1,4 miliardy korun, ačkoliv nemělo představu, čeho chce podporou vzdělávání a poradenství dosáhnout.
Ze tří kontrolovaných oblastí dopadla nejhůře oblast dotací určených pro neziskové organizace. O těchto dotacích rozhodovaly do roku 2013 jednotlivé odbory MZe, a to každý podle svého uvážení a bez společných pravidel. Jak MZe v této době projekty vybíralo, resort kontrolorům nevysvětlil. Od roku 2013 MZe sice už mělo pravidla pro výběr projektů, přesto ale k získání dotace stačilo předložit jen velmi obecné a stručné informace o projektu a jeho souhrnných nákladech. Z tak obecných žádostí nemohlo MZe posoudit, jestli je projekt kvalitní a dává smysl, a tedy jestli by měl dotaci získat. Podle úřadu si ministerstvo si ani nestanovilo strop výdajů, které bylo ochotné žadatelům proplatit. V praxi to vedlo k tomu, že dotaci získaly velmi rozdílné projekty. Například u vzdělávacích projektů pro děti se velmi výrazně lišily náklady na jednoho účastníka. Zatímco účast jednoho dítěte na vzdělávací akci Poznávej les všemi smysly vyšla na 30 korun a u akce Zemědělství žije pak na 40 korun, tak v případě slavností Rok na vsi to bylo 1 400 korun na jednoho účastníka. Tato dvoudenní akce, které se zúčastnilo zhruba tisíc návštěvníků a ve které děti prošly naučnou stezkou a navštívily dobovou vesničku či tvořivé ateliéry, vyšla na téměř jeden a půl milionu korun. Stejná suma by tedy například v případě projektu Poznávej les stačila pokrýt náklady na zhruba 54 tisíc účastníků.
Nedostatky odhalili kontroloři i u národních dotací. Kontrola evropských peněz na vzdělávání a poradenství v zemědělství dopadla ze všech oblastí nejlépe. Přesto i zde kontroloři odhalili určité nedostatky.
