Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) prověřil podporu protipovodňových opatření Ministerstva zemědělství (MZe) a Ministerstva životního prostředí (MŽP). Podle závěrů NKÚ je realizace opatření před povodněmi oddalována zejména z důvodu pomalého čerpání peněz. MZe s tímto výkladem nesouhlasí, NKÚ mj. ve svých závěrech opomíjí změny v legislativě a zamlčuje v tiskové zprávě i to, že závěry nekonstatují jakékoliv porušení předpisů nebo nehospodárné využití finančních prostředků.
Za paradoxní považuje MZe výtku NKÚ k nižším investicím do protipovodňových opatření oproti původním plánům. Je třeba uvést, že se při realizaci protipovodňových opatření díky transparentnímu zadávání veřejných zakázek podařilo snížit náklady připravovaných staveb o více než 35 %. Úspory v řádu stovek milionů jsou tedy ze strany NKÚ prezentovány jako nedostatek.
NKÚ také vztahuje nízké čerpání finančních prostředků k předpokladům z roku 2010 a pomíjí jejich aktualizace v navazujících strategických dokumentech následujících let, které jsou stanoveny na základě reálnějších výchozích informací. Jde např. o upřesnění předpokládaného seznamu realizovatelných opatření, zpracované vyšší stupně projektových dokumentací s upřesněním rozpočtových nákladů nebo zpřesnění požadavků na výkupy nemovitostí dotčených výstavbou protipovodňového opatření.
Nižší čerpání finančních prostředků státního rozpočtu způsobily zejména vnější objektivní příčiny.
Tisková zpráva NKÚ neuvádí důležitý závěr, že kontrolou prověřených projektů zaměřených na ochranu před povodněmi NKÚ nezjistilo porušení právních předpisů ani neúčelné a nehospodárné použití peněžních prostředků.*
