V souvislosti s projednáváním návrhu novely zákona č.353/2003 Sb., o spotřebních daních v Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR se opět do popředí dostala diskuze o tom, zda podporovat nebo nepodporovat biopaliva. Zúčastněné to rozdělilo na dvě skupiny. Jedni tvrdí, že biopaliva jsou drahá a nekonkurenceschopná, takovou slepou uličkou. Navíc zabírají zemědělskou půdu na úkor produkce potravin a z jejich podpory výrazně profitují jejich producenti, navíc jsou spojena s nižším výběrem spotřební daně do státního rozpočtu. Ekologické organizace obviňují odvětví biopaliv z přílišného množství emisí skleníkových plynů. Jejich zastánci zase upozorňují na ztráty, které by utrpěly firmy, investující do této oblasti, na snížení počtu pracovních míst a negativní dopad na prvovýrobce. Mezi zastánci je i ministr zemědělství Marian Jurečka a za podporu biopaliv se postavila i Agrární komora ČR.
Podle ní jde o jediné možné řešení tak, jak je stanoveno i v příslušných právních předpisech Evropského společenství. Jiná forma podpory, například přímá podpora zemědělských prvovýrobců není možná. Co se týká námitek, že by biopaliva konkurovala potravinám, komora uvedla, že při zabezpečení stoprocentní soběstačnosti výroby potravin je v ČR i tak k dispozici volných asi 720 tisíc hektarů orné půdy a 200 tisíc hektarů trvalých travních porostů.
Každopádně však primární je, zda Česká republika splní závazné cíle dané směrnicí o jakosti benzínu a nafty, a to dosáhnout šest procent snížení emisí skleníkových plynů v dopravě, a směrnici o podpoře využívání energie z obnovitelných zdrojů. Ta by měla zajistit podíl energie z obnovitelných zdrojů v dopravě v roce 2020 alespoň deset procent. Vzhledem k tomu, že tyto cíle jsou závazné, nezbyde České republice zatím nic jiného než je postupně splnit, tedy, pokud Evropská unie dané směrnice nenovelizuje. V opačném případě se náš stát vystavuje riziku vysokých sankcí. Je zcela jasné, že pomocí elektromobilů, vodíkových pohonů, případně CNG, tyto požadavky na snižování emisí v dopravě Česká republika nesplní. Za současných podmínek tak není jiné cesty než využití biopaliv.
