Systém, podle kterého se přidělují státní dotace do oblasti výroby ekologických paliv bude vláda zřejmě v budoucnu přehodnotit. Vyplývá to z kontrolního závěru Nejvyššího kontrolního úřadu, který bude vláda probírat na svém příštím zasedání.
Úřad v něm konstatuje, že současný systém poskytování podpor na využívání biopaliv, získaných z nepotravinářského využití zemědělské půdy, z prostředků Státního zemědělského intervenčního fondu je poměrně komplikovaný a finančně náročný. Podle NKÚ díky své složitosti obsahuje několik míst, kde může docházet k nehospodárnému využití finančních prostředků.
Zároveň poukazuje na některá pochybení, která při své prověrce v letech 1992 až 2002 zjistil. Týkají se především činnosti ministerstva zemědělství, jehož prostřednictvím je výroba ekologických paliv podporována.
NKÚ například zjistil, že ve fázi, kdy se rozhodovalo o výběru příjemců státní podpory, nebyly dostatečně požadovány podrobnější podklady, ze kterých by bylo možné vyhodnotit jak oprávněnost žádosti a reálnost termínů, tak i nárokování
finančních prostředků. Ani předložené podnikatelské záměry nebyly řádně vyhodnocovány.
Ministerstvo tak například v letech 1992 až 1995 dotovalo zhruba 774 miliony korun celkem 20 subjektů a přitom v době ukončení kontroly už vyráběla bionaftu pouze desítka příjemců
dotací. Ostatní příjemci skončili v konkurzu a poskytnuté půjčky tak nebudou ve skutečnosti splaceny. V konkurzech na majetek příjemců se podle NKÚ ocitlo téměř 40 procent poskytnutých půjček.
Účel programu podpory výroby biopaliv tak byl podle NKÚ naplněn pouze částečně v tom smyslu, že část zemědělské produkce je využita pro výrobu alternativních paliv.
