Ze sedmdesáti dvou výzkumných projektů, které v letech 1998 a 1999 financovalo ministerstvo zemědělství, projevila praxe patrně zájem pouze o sedmnáct. Vyplývá to ze skutečnosti, že jen na tomto malém počtu projektů se ústavy podílely vlastními prostředky a penězi, které měly získat od zájemců o využití svého výzkumu. To je podle Jany Krejčové z Nejvyššího kontrolního úřadu jeden z nejzávažnějších závěrů kontroly, která proběhla ve čtyřech výzkumných ústavech spadajících do působnosti ministerstva zemědělství.
Znamená to, že na 55 výzkumných projektů (tedy 73,4 %) nikdo peníze dát nechce. Jak Krejčová připomněla, nejde přitom o pracoviště, která by se zabývala základním výzkumem. Samy kontrolované ústavy si své práce patrně málo cení, protože podle zjištění Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) a výsledky své výzkumné činnosti nepromítají do účetnictví, nezahrnují je do majetku a také se nezabývají jejich případnou patentovou ochranou. V některých případech byla dokonce již existující patentová ochrana zrušena s tím, že se nevyplácí.
Výzkumné ústavy, které jsou příspěvkovými organizacemi, se mají od roku 1999 posuzovat podle Pravidel hodnocení výzkumných záměrů a výsledků organizací pro poskytování podpory výzkumu a vývoje, která schválila vláda dne 22. 4. 1998 usnesením č. 281. NKÚ zjistil, že MZe některé výzkumné ústavy, které nebyly schopny kritéria těchto pravidel splnit, přeřadilo do skupiny tzv. specializovaných organizací. „Podle našeho názoru ministerstvo k tomuto kroku nemělo žádnou oporu v právních předpisech. Jsou-li organizace výzkumnými ústavy, pak mají být hodnoceny podle tohoto vládního usnesení,“ konstatovala Krejčová. Po tomto kroku ve skupině příspěvkových výzkumných ústavů ministerstvu zbylo pouze deset organizací.
Jinak NKÚ zjistilo podle Krejčové obvyklé porušování právních předpisů: „Například MZe nesplnilo důsledně roli zakladatele, neboť jsme našli závady ve vymezení státního majetku, který mají tyto organizace k dispozici. I to bylo důvodem chyb v evidenci tohoto majetku u jednotlivých ústavů a také nepřesností v katastru nemovitostí. Ministerstvo také nevymezilo zmíněným organizacím podmínky, za jakých mohou provozovat hospodářskou činnost. Z toho potom vyplývaly problémy u některých ústavů, u nichž jsme třeba zjistili, že nákladovost hospodářských činností je větší než výtěžek z nich. To znamená, že vlastně tyto činnosti byly dotovány z prostředků MZe.“ Na čtyři kontrolované výzkumné ústavy přitom MZe vynaložilo v roce 1998 více než 157 mil. Kč, o rok později přes 160 mil. Kč. NKÚ u kontrolovaných výzkumných ústavů dále zjistil další nesrovnalosti, například nedostatky v uzavírání smluv či nerespektování zákona o veřejných zakázkách
