Česká republika dostává od Evropské unie pro farmáře hospodařící ve znevýhodněných oblastech, tedy většinou na půdě ležící ve středních a vyšších polohách, od EU ročně asi tři miliardy eur. Kdyby se aplikovala nová hlediska pro tyto oblasti, o kterých Evropská komise uvažuje, značné plochy v ČR by z této kategorie vypadly a podpora by se snížila na polovinu, tedy na 1,5 miliardy. Vrchní ředitel ministerstva zemědělství Martin Fantyš ale dostal při jednání v Evropské komisi příslib, že dosavadní pravidla budou platit ještě aspoň dva nebo tři roky.
Komise po konzultaci s řadou členských zemí váhá, zda nemá od reformy zatím ustoupit. Nové nařízení o venkovském rozvoji připravované na červen by podle odhadu mluvčího EK Michaela Manna nemělo zatím definici "znevýhodněných oblastí" měnit. Poukázal na to, že jde ovšem o třicet let starou úpravu, která dnes už vůbec nevyhovuje. Například Lucembursko je úplně celé považováno za takovou oblast, což je přinejmenším podivné, uvedl. Nová pravidla by měla podle EK být založena spíše na agronomických hlediscích, jako je kvalita půdy či klimatické podmínky. To si ovšem vyžádá jejich detailní studium, které může trvat několik let.
Smyslem podpory hospodaření v znevýhodněných oblastech je zachovat přítomnost farmářů na méně úrodných půdách ve vyšších polohách, mimo jiné kvůli tvorbě krajiny a ochraně životního prostředí. Zpochybňovány nyní nejsou dotace zemědělcům v horských oblastech, ale v takzvaných přechodně znevýhodněných oblastech ve středních polohách.
