Téměř 3,5 miliardy korun bylo v roce 1998 vyplaceno na podporu mimoprodukčních funkcí zemědělství. O rok později to bylo již skoro 4,4 miliardy korun. Podle Zdenka Rodra z Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) se kontroloři při prověřování přiznávání těchto podpor setkali kromě několika vážných přestupků také s „řadou drobných nedostatků“
Ministerstvu zemědělství a jeho územním orgánům NKÚ především vytýká, že nesehrály vždy požadovanou kontrolní roli. Nevracely k doplnění a opravení žádosti, které obsahovaly zjevné vady a nedostatky, ale na základě těchto podkladů vyplatily požadované dotace. Například šlo o zařazení pozemků do nesprávného cenového pásma, chybějící doklady o právních důvodech hospodaření na pozemcích, případně chybně uvedené rozlohy pozemků, na které byly žádány dotace. Někdy chyběla i čestná prohlášení o splnění podmínek pro přiznání podpory. V některých případech došlo také k vyplacení vyššího finančního obnosu, než jaký odpovídal příslušnému bodovému hodnocení a ceně bodu v daném roce.
Problémy mělo také ministerstvo zemědělství s kontrolou příjemců podpor. V několika případech pracovníci těchto resortů podporu přiznali, i když při kontrole zjistili, že příjemci kritéria stanovená ve vládním nařízení nesplnili. Šlo například o nedodržení intenzity chovu hospodářských zvířat, nižší počet odchovaných telat aj.
Některé nedostatky zavinila nejednoznačná formulace příslušných vládních nařízení, na jejichž základě se dotace přiznávaly. Tuto skutečnost dokumentuje podle Rodra i to, že v obou letech považovalo MZe za potřebné vydat k těmto vládním nařízením pro své zaměstnance výklad. „Pro podnikatele v zemědělství byly tyto předpisy složité a nepřehledné. Proto také docházelo k častým chybám,“ vysvětlil Rodr. Pokud jde o nápravu, pak již v průběhu kontroly bylo třem příjemcům předepsáno vrácení neoprávněně poskytnutých prostředků v celkové výši téměř 5,5 milionu Kč. „Proběhla také instruktáž, na níž byly všichni ředitelé územních odborů informováni o zjištěných nedostatcích. Mnozí dostali finanční postih a někteří byli i odvoláni z funkce,“ konstatoval Rodr a dodal, že je také nutné vzít v úvahu, „že ne všechny územní obory byly stejně vyřizováním žádostí vytíženy. Někde jich bylo jen šedesát, jinde však třeba desetkrát více.“ Rodr je spokojen nejen s přístupem MZe ke kontrolnímu závěru, ale také s tím, že dotace se dnes již vyplácejí na základě platného zákona o zemědělství a vládních nařízení. „Tím je charakter podmínek závaznější a neoprávněně vyplacené podpory je také možné na příjemcích lépe vymáhat,“ uzavřel.
