V rámci dalších protipovodňových opatření chce ministerstvo zemědělství zadržet více vody v krajině a vytvářet suché poldry a vodní nádrže s retenčními prostory. Nyní připravuje jejich třetí etapu, která potrvá do roku 2019. Předpokládané finanční náklady jsou 4,5 miliardy korun. Návrh na třetí etapu protipovodňových opatření v současnosti schvaluje ministerstvo financí.
Poldry jsou přijatelné i pro ochranu přírody, jejich vznik však může narazit na majetko-právní vztahy a nesouhlas majitelů pozemků. Podle některých odborníků je umělé budování poldrů nákladné, stačilo by prý na pozemcích jinak hospodařit.
Jak řekl Pavel Punčochář z ministerstva zemědělství v rámci konference Vodní toky a plochy v ČR, obvykle nesouhlasí majitelé pozemků se zřízením suchých poldrů nebo nádrží. Je potřeba, aby se tato opatření dala do územních plánů. Ministerstvo chce poldry prosadit do zákona jako stavbu veřejného zájmu. Podle Punčocháře by tak bylo pozemky možné vyvlastnit.
Hydrobiolog Michal Pop se domnívá, že by bylo daleko lepší, kdyby se úředníci dohodli s majiteli vhodných pozemků. Právě tyto pozemky by byly určitým způsobem obhospodařované, aby bylo možné je jako poldry čas od času využít, a ne je násilím vyvlastnit. V těchto oblastech by se ale podle něj muselo začít jinak hospodařit.
Poldry jsou úložiště vody, která slouží k protipovodňové ochraně na horním toku řek a potoků, tedy tam, kde povodňová vlna vzniká. Plocha poldru bývá zemědělsky využívána jako travní porost nebo je ponechána jako mokřad. Měly by vznikat tam, kde není zástavba a kde se umožní vodě dostatečný rozliv.
Ministerstvo zemědělství navrhuje vytvořit poldr Kutřín na řece Krounce za 383 milionů korun, poldr Plotiště na říčce Melounka za 110 milionů v Povodí Labe a poldr Sobotín na řece Merta v Povodí Moravy za 130 milionů. Další z možností, jak třeba snížit při povodních přítok vody do Berounky a tím i průtok vody ve Vltavě, je regulace Klabavy. Jde o lokalitu Amerika v prostorách vojenského újezdu Brdy. Její vznik ale podle Punčocháře už třikrát odmítlo ministerstvo obrany kvůli významným rybám, které v oblasti žijí.
K retenci vody přispívají i rybníky, těch je však v Česku o dvě třetiny méně než v 18. století. Většina je navíc zabahněna, takže retence je nízká.
Dosud se prevence před záplavami zaměřovala na stavby protipovodňové ochrany a bezpečnost vodních děl při povodni. Na předchozí druhou etapu, která trvala od roku 2007 do letošního roku, ministerstvo vyhradilo téměř 12 miliard korun. Dalším problémem odborníků je, že se obce častěji přiklánějí k technickému upravování vodních toků než přírodnímu přístupu. Tím se zhoršuje například samočištění koryt a stav ekosystémů okolo řek a potoků včetně rybích společenstev.
