Většinu ze sporných kompetencí v připravovaném návrhu zákona o vodách přiřkla vláda ministerstvu zemědělství. Ministerstvo životního prostředí získalo pouze pravomoce v oblasti ochrany před povodněmi. MZe tak bude povolovat nakládání s povrchovými a podzemními vodami a rozhodovat o tom, zda vodní tok, jehož koryto se přirozeným způsobem změnilo, má být vrácen do původního stavu. Resort zemědělství bude působit i v oblasti mimořádných opatření.
První kolo bitvy, v níž obě ministerstva opakovaně předkládala své varianty návrhu zákona či jeho jednotlivých paragrafů a vláda se opakovaně k návrhu zákona vracela, tak vyzněl ve prospěch hospodářského resortu. „Na jednání vlády dne 15. května letošního roku nám byla přidělena kompetence v ochraně a jakosti vod. Abychom mohli tento úkol splnit, potřebujeme také kompetenci v oblasti povolování nakládání s vodami,“ tvrdí ministr životního prostředí Miloš Kužvart, podle něhož je rozhodnutí vlády v rozporu s volebním programem ČSSD i příslušnou směrnicí Evropské unie. Návrh zákona samozřejmě není konečný. Souboj obou resortů bude patrně pokračovat v Poslanecké sněmovně i v Senátu.