V současné době je na hranicích 18 stanic, které obhospodařují 24 hraničních přechodů. V případě vstupu ČR do EU spolu s Polskem a Slovenskem by se počet stanic snížil na dvě.
Zbylé dvě stanice by měly být v na Labi v Hřensku a na letišti v Ruzyni. Stanice provádějí veterinární dozor nad dováženým zbožím. Kontrolují, zda na české území nevstupují závadné potraviny živočišného původu a zda zásilky s živými zvířaty splňují všechny veterinární podmínky dovozu. Tento dozor by měl v místech určení fungovat i po ukončení činnosti veterinárních stanic po vstupu ČR do EU.
Je ovšem možné, že ČR nebude mít ani dvě pohraniční veterinární stanice. Přestože totiž Správě letišť, která má ze zákona povinnost stanici vybudovat, na její výstavbu přispěje EU, budou náklady na vybudování stanice na letišti vysoké. Úbytek pohraničních veterinárních stanic neznamená nižší účinnost veterinárního dozoru nad živými zvířaty a potravinami živočišného původu.
