Žaloba nemá odkladný účinek a podle prováděcího rozhodnutí EK bude ČR muset částku vrátit do rozpočtu Evropské unie. O dané peníze se tak Česku sníží jiné platby z EU. Evropská komise původně za chybné čerpání evropských zemědělských dotací v letech 2015 až 2017 vyměřila finanční korekci v přepočtu zhruba 7,5 miliardy korun, státu se ji podařilo snížit ve smírčím řízení.
Ministerstvo zemědělství nesouhlasí ani s nižší finanční korekcí, chtělo by ji buď dále snížit, nebo zajistit, aby se dotace nekrátily vůbec. Argumentuje tím, že EK staví některá auditní zjištění na výkladu, který jde nad rámec právních předpisů a nemá oporu v nařízeních Evropského parlamentu a Rady EU či jejich prováděcích předpisech. Ministerstvo také pokládá výši korekce za nepřiměřenou, unijní orgány podle něj správně nevypočítaly správní sankce za opožděné podání žádostí a chyby vidí také v samotném řízení kolem finančních korekcí.
Jádrem sporu je výklad institutu takzvaného aktivního zemědělce. Podle něj mohli unijní podporu čerpat pouze žadatelé, kteří se skutečně živili zemědělskou činností. Cílem bylo zabránit pobírání dotací podnikateli, kteří se zemědělství nevěnují. Podle materiálu ministerstva zemědělství je argumentem pro podání žaloby to, že u institutu aktivního zemědělce EK podmínku sledování vzájemné propojenosti firem nezavedla řádným legislativním způsobem, nýbrž byla "zavedena prostřednictvím PowerPointu". Ministerstvo uvedlo, že právní základ pro vyžadování kontroly propojenosti podniků postrádají i jiné členské státy EU.*
