Vzhledem k přetrvávajícím ohlasům ze strany části zemědělské podnikatelské veřejnosti ke způsobu vedení účetnictví poté, co se ČR stala členskou zemí EU, vydává ministerstvo zemědělství následující vyjádření.
Povinnost vést účetnictví podvojnými zápisy, tzv. podvojné účetnictví je stanovena v zákoně o účetnictví, který nabyl platnosti 1. 1. 2004. Ten od tohoto data stanovuje povinnost podvojného účetnictví:
právnickým osobám se sídlem na území ČR,
fyzickým osobám, které jsou k 1.1.2004 či dříve byly zapsány v obchodním rejstříku,
fyzickým osobám, které se rozhodly vést podvojné účetnictví dobrovolně.
Od prvního ledna roku 2005 zákon o účetnictví tuto povinnost rozšiřuje dále na:
fyzické osoby, které při podnikatelské činnosti v roce 2003 dosáhly obratu vyššího než 6 000 000 Kč,
fyzické osoby, které v r. 2003 nepřesáhly obrat 6 000 000 Kč, zároveň však ke dni 1.1.2004 jsou účastníky sdružení bez právní subjektivity a nebo se jimi stanou v průběhu roku 2004.
Podle Nařízení Rady Evropských společenství č. 1260/1999 nemusejí podvojné účetnictví vést subjekty, které se stanou konečnými příjemci prostředků ze záruční sekce Evropského zemědělského orientačního a záručního fondu (EZOZF), protože se nejedná o dotace ze strukturálních fondů Evropského společenství. To se tedy týká příjemců jednotné platby na plochu (SAPS) a podpor poskytovaných v rámci Horizontálního plánu rozvoje venkova (HRDP).
Naproti tomu příjemce dotace ze strukturálních fondů, tj. podpora v rámci Operačního programu Zemědělství, který vedl daňovou evidenci, má povinnost vést od 1.1.2005 účetnictví podvojnými zápisy.
