Systém poskytování přímých plateb českým zemědělcům je sice funkční a odpovídá požadavkům stanoveným právními předpisy EU, na druhou stranu měl ale nedostatky v organizaci a provádění finančních kontrol. Kvůli chybějícím prostředkům na přímé platby stát na úrocích zbytečně zaplatil přes 1,3 milionu korun. Upozornil na to Nejvyšší kontrolní úřad, který se zaměřil na přímé platby v letech 2004 až 2006, kdy zemědělci dostali více než 37 miliard korun.
Existovaly nedostatky v delegování některých činností ze Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF) na ministerstvo zemědělství, pokud jde o přijímání žádostí o oddělenou platbu za cukr pro rok 2006, uvedl prezident NKÚ František Dohnal. Problémy podle něj způsobil také nedostatek finančních prostředků ve státním rozpočtu na financování přímých plateb. SZIF tak čerpal se souhlasem MZe úvěr od komerčního bankovního ústavu a úroky, které k 30. červnu 2007 dosáhly více než 1,3 milionu korun, představují dodatečné zatížení státního rozpočtu. Vážný je podle Dohnala také nesoulad národních předpisů s předpisy EU, který spočívá zejména v omezené časové působnosti příslušných nařízení vlády. Při této kontrolní akci byly podle něj zjištěny podobné nedostatky jako při kontrole zaměřené na dotace z Horizontálního plánu rozvoje venkova. NKÚ v roce 2006 zjistil, že SZIF poskytl rolníkům neoprávněně téměř 34o tisíc korun z evropských dotací. Fond totiž neprováděl dostatečnou kontrolu žádostí o evropské peníze. Ministerstvo zemědělství však podle svého mluvčího Petra Vorlíčka zjištění identifikovaná audity orgánů EU vždy důsledně analyzovalo a neprodleně přijímalo opatření vedoucí k jejich odstranění. Vloni byl na MZe vytvořen funkční kontrolní systém zajišťující sledování a vyhodnocování výsledků auditních misí EU, dodal.
