Česká republika se jako první z kandidátských zemí ostře ohradila proti faktu, že ji Evropská unie považuje za zemi, kde je vysoce pravděpodobný výskyt nervové nemoci dobytka BSE. Ministr zemědělství Jan Fencl poslal evropskému komisaři pro zdraví a ochranu spotřebitelů Davidu Byrneovi dopis, ve kterém žádá o přehodnocení statusu ČR.
Fencl napsal Byrneovi, že nesouhlasí se zařazením České republiky do třetí ze čtyř skupin, do nichž EU nečlenské země rozdělila z hlediska rizika bovinní spongiformní encefalopatie (BSE). ČR chce být ve druhé skupině - s vysoce nepravděpodobným výskytem nemoci. Ve třetí kategorii jsou státy, kde je riziko BSE "vysoce pravděpodobné", ač ještě nebylo potvrzeno. Kromě Slovenska, Polska nebo České republiky, kde se dodnes BSE nevyskytla, sem EU zařadila i Švýcarsko. To zaznamenalo za poslední dekádu kolem 360 případů nemoci. Fencl upozorňuje, že Vědecký řídící výbor EU, který rizikovost třetích zemí posuzoval, nebral v potaz informace, jež mu ČR zaslala. Výbor vycházel ze skutečnosti, že ČR dovážela v posledních letech dobytek z Německa, Švýcarska nebo z Francie. Mluvčí české Státní veterinární správy Josef Duben ale tvrdí, že dobytčata pocházela z chovů, kde se BSE nevyskytla. "V letech 1988 až 2000 jsme dovezli ze Skotska dva býky a 24 krav, ze Švýcarska pět býků a 11 krav. Z nich ještě 28 žije, o všech se ví a všechna zvířata jsou pozorována," řekl ČTK. Kopie dopisu dostali komisaři pro rozšíření Günter Verheugen a zemědělství Franz Fischler. Podle velvyslance ČR při EU Libora Sečky nastolí premiér Miloš Zeman kontroverzní české zařazení na pořad jednání při nadcházející návštěvě šéfa Evropské komise Romana Prodiho v ČR.