Problémy s evidencí majetku mají podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) některá školní hospodářství. Někdy je na jejich počátku již samotné vymezování majetku školních statků zřizovatelem, jímž je v případě středních zemědělských škol ministerstvo školství mládeže a tělovýchovy (MŠMT).
To například po 1.9.1991 určilo v sedmi z jedenácti kontrolovaných školních statků právo hospodaření i k majetku, který na základě zákona 229/91 Sb. „o půdě“ přešel pod správu Pozemkového fondu (PF). Jde o zemědělské budovy v celkové hodnotě asi 435 milionů Kč a pozemky o úhrnné výměře zhruba 5737 ha. Školní hospodářství vedla tyto nemovitosti ve své evidenci, neoprávněně je odepisovala a vytvářela část fondu reprodukce investičního majetku. NKÚ přitom ve své zprávě konstatuje, že v žádném obecně závazném předpise není určeno, kdo vlastně má majetek, který na základě zákona 229/91 Sb. přešel pod PF, evidovat v účetnictví. MŠMT také neřešilo ztrátovost školních zařízení. Ta přitom vykázala od roku 1991 do roku 1998 ztrátu z hlavní i hospodářské činnosti v úhrnné výši 201,8 milionu Kč.
