V současné době v České republice vznikají dvě základní instituce, přes které půjdou zemědělcům finanční prostředky z fondů Evropské unie. Podle náměstka ministra zemědělství pro záležitosti Evropské unie Miroslava Tomana musí tyto instituce v okamžiku vstupu ČR do EU již plně fungovat.
Principielně budou prostředky Evropského zemědělského záručního a orientačního fondu (EZOZF, resp. angl. EAGGF) z něhož plynou finanční prostředky na Společnou zemědělskou politiku unie (SZP) rozdělovány přes Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) a platební agenturu s pracovním názvem Agrární platební agentura - APA, vzniklou ze stávající Agentury SAPARD. Detailní rozdělení kompetencí SZIF je navrženo v novele zákona č. 256/2000 Sb. o SZIF, kterou v současné době projednává poslanecká sněmovna. Obecně lze říci, že tento fond bude v rámci těchto kompetencí administrovat a přijímat žádosti, provádět předepsané kontroly, přičemž při kontrole obchodních mechanismů, jakými jsou například vývozní subvence či dovozní a vývozní licence, bude spolupracovat s celní správou.
Agrární platební agentura pak bude administrovat přímé platby, podpory na rozvoj venkova a strukturální politiku poskytované prostřednictvím programových dokumentů - Horizontálního plánu rozvoje venkova a operačního programu "Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství", jež navazují na existující program SAPARD a rovněž na jeho systém administrace a kontrol. Tyto dva dokumenty ministerstvo zemědělství v současné době zpracovává. Finanční prostředky, které na výše zmíněný operační program poplynou, pocházejí z kapitoly 21 - Regionální politika a koordinace strukturálních nástrojů. Tento operační program však v České republice není jediným, kromě něho jsou připravovány operační programy Rozvoj lidských zdrojů, Životní prostředí, Doprava, apod. Zastřešujícím dokumentem je pak Národní rozvojový plán ČR, na jehož základě prostřednictvím tzv. Rámce podpory Společenství budou rozdělovány finanční prostředky z rozpočtu EU jednotlivým platebním agenturám, kterou v případě MZe bude APA, a jejich prostřednictvím pak konečnému příjemci pomoci, tedy žadateli, předkladateli projektu.
Opatření administrovaná SZIF budou financována v podstatě průběžně v rámci příslušného roku, na rozdíl od přímých plateb které jsou vypláceny ve stanovených termínech. Rozpočtový rok záruční sekce Evropského zemědělského orientačního a záručního fondu probíhá v období od 16. října běžného roku do 15. října následujícího roku. Tato sekce financuje opatření, jejichž významná část vychází ze společných organizací trhu (např. intervenční nákup, intervenční prodej, vývozní subvence, apod.). Česká republika má v oblasti společných organizací trhu (s výjimkou přímých plateb) nárok na stejné podpory jako ostatní členské státy, a to od prvního dne členství. V souladu s legislativou Evropského společenství uvolní Česká republika nezbytné finanční prostředky pro hrazení výdajů až do doby proplacení ze záruční sekce EZOZF, které proběhne nejpozději třetí pracovní den druhého měsíce následujícího po měsíci, kdy byly tyto výdaje uhrazeny. Výdaje vyplacené Českou republikou v měsíci květnu 2004 tak budou uhrazeny z EZOZF nejpozději třetí pracovní den v měsíci červenci 2004.
