Peníze určené pro přípravu České republiky na členství v Evropské unii použily organizace podřízené ministerstvu zemědělství v řadě případů i k činnostem, které se vstupem nesouvisely. Vyplývá to ze závěru Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ), které byly zveřejněny počátkem týdne.
Ministerstvo podle úřadu v letech 2001 a 2002 nevydalo žádný interní předpis, jímž by stanovilo, které výdaje lze do Národního programu přípravy České republiky na členství v Evropské unii zahrnout, a neurčilo ani metodiku sledování výdajů a pokyny k uskutečnění programu. Tento nedostatek byl podle úřadu hlavní příčinou toho, že podřízené organizace resortu zemědělství z peněz národního programu financovaly i běžné úkony a činnosti, které zjevně nesouvisely se vstupem země do Evropské unie.
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský tak například zahrnul do výdajů národního programu v letech 2001 a 2002, kterých se kontrola týkala, veškeré zahraniční služební cesty mimo jiné i do Kanady, Mexika, USA, Egypta, Thajska, Brazílie či Japonska, celkem za více než 627 tisíc korun, stejně tak jako výdaje na opravy a údržbu za téměř 1, 65 milionu korun. Podobně Ústav pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv z programu financoval mimo jiné výdaje na školení a semináře, revize elektrických zařízení, nákup čisticích a hygienických prostředků, stavební práce i praní prádla, a Státní zemědělská a potravinářská inspekce z programu platila i poplatky za rozhlas a televizi. "V těch případech, kdy bylo evidentní, že peníze nebyly využity v souvislosti se vstupem, budou příslušní pracovníci voláni k odpovědnosti," reagovalo na nález NKÚ ministerstvo zemědělství.
Úřad ministerstvu zemědělství také vytknul, že ačkoli vynaložilo 123 milionů korun na integrovaný administrativní a kontrolní systém, který měl být dokončen do závěru roku 2002 a poté do 31. května 2003, nebyl tento systém ani loňského září, kdy kontrola proběhla, ověřen a plošně zaveden.
Další prověrka byla zaměřena na hospodaření státního podniku Lesy ČR, kde úřad shledal závažná pochybení. Podle nálezu totiž podnik prodával naprostou většinu dříví
za výrazně nevýhodných podmínek, neoprávněně nakládal s finančními prostředky a uzavíral dodavatelské smlouvy bez výběrových řízení. Příčinou zjištěných nedostatků bylo však podle NKÚ také to, že ministerstvo zemědělství zanedbalo povinnosti, které mu vyplývají jako zakladateli Lesů ČR ze zákona o státním podniku. O tom svědčí skutečnost, že MZe v období let 2001 až 2003 neprovedlo u tohoto podniku žádnou kontrolu zaměřenou na oblast obchodních smluv, nakládání s dočasně volnými finančními prostředky a nabývání majetkových účastí Lesů ČR v obchodních společnostech. Vedle zanedbávání kontroly resort podle úřadu také nedostatečně s spolupracoval s dozorčí radou podniku.