Budování protipovodňových opatření zpomalují problémy s výkupem potřebných pozemků, námizky ochránců přírody i pravidla výběrových řízení. Pomoc by měla přinést změna legislativy.
Postup prací na protipovodňových opatřeních nezbrzdil podle Pavla Punčocháře, náměstka ministra zemědělství pro lesní a vodní hospodářství, jen přísun peněz. Finanční prostředky na první etapu programu prevence před povodněmi podle něj byly, ale ze tří důvodů se nepodařilo zejména větší opatření a protipovodňové zásahy realizovat podle plánu do roku 2006. Prvním důvodem je otázka vlastnictví pozemků. Majitelé nestojí o jejich vykoupení, zejména ne za obvyklé ceny. Brání se tomu, aby jejich půda byla použita pro výstavbu hrází nebo jako dno suchých poldrů. Druhým problémem je v mnoha případech odpor ochránců životního prostředí. Ten sice u poldrů a územních rozlivů není tak silný, nicméně každá příčná stavba nebo výraznější technické opatření vyvolává jejich námitky. Třetím nezanedbatelným zádrhelem je přístup k výběru realizátora. Ten se musí řídit novým zákonem o výběrových řízeních, který je dosti složitý. Nespokojeným účastníkům řízení umožňuje odvolání, které se složitě vyřizuje, a tak dochází k mnohaměsíčním skluzům. Na druhou stranu si Punčochář cení toho, že tento systém tendrů umožní výrazné snížení ceny. Do budoucna však pro urychlení realizace protipovodňových opatření svitla naděje: "Vláda svým rozhodnutím z jara letošního roku uložila ministerstvu zemědělství zpracovat ve spolupráci s ostatními dotčenými resorty legislativní úpravy. Jednou z nich je možnost výkupu — vyvlastnění za úhradu ve veřejném zájmu — pozemků tam, kde je třeba udělat nějaké technické opatření," vysvětlil Punčochář a pokračoval: "Druhá úprava by měla zajistit, aby se na dnech poldrů, které umožní akumulaci velkých objemů vody, dalo běžně hospodařit. V případě zaplavení by měl zničenou úrodu nahradit stát." Třetím neméně důležitým bodem je podle Punčocháře úprava ceny za výkup pozemků. Ta by se měla dostat na úroveň běžnou při výkupech pozemků pro liniové stavby. Důležité bude i vyřešení opakovaně zaplavovaných obydlí. "Pokusíme se udělat návrh na výkup nemovitosti státem za podmínek, které dovolí jejich majitelům postavit si jinde. Tedy za výkupní cenu, která nebude jen cenou odhadní v dané době. Evropská komise se rozhodla rovněž připravit povodňovou směrnici, která by měla dát zásady chování členských států při povodňových situacích a zejména zlepšit předcházení jejich nepříznivých dopadů. Jedním z důležitých prvků je, že opatření na území jednoho státu nesmějí nepříznivě ovlivnit průběh povodně na území státu druhého. Takže důležitá je hlavně akumulace vod, zlepšení manipulačních řádů na nádržích tak, aby zachytily povodňové vody. Například za letošních povodní pomohlo zadržení velkých objemů vody (přes 230 milionů kubických metrů při jarní povodni) v poldrech na soutoku Dyje a Moravy velmi podstatně rakouským vodohospodářům při řešení havarijní situace. Rakouská strana za to českým vodohospodářům oficiálně poděkovala.
