Více než deset a půl miliardy korun z dotačních programů i dalších zdrojů bylo vydáno v České republice v letech 2002 až 2009 na protipovodňová opatření. Vyplývá to z údajů ministerstva zemědělství. Dalších téměř jedenáct miliard korun má na prevenci proti povodním směrovat v letech 2010 až 2013. Loni čerpání peněz zrychlilo, příjemci z programu získali přes 2,5 miliardy korun.
K rychlejšímu čerpání dotací přispěla podle ministerstva předloni schválená novela vodního zákona. Ta dává mimo jiné státu možnost vyvlastnit v případě veřejného zájmu pozemek potřebný pro protipovodňové opatření. Tento fakt funguje jako určitá hrozba, což urychluje jednání s vlastníky. Jednou z překážek pro realizaci úprav byla v minulosti nechuť vlastníků pozemků dohodnout se na odprodeji.
V první etapě hlavního programu Podpora prevence před povodněmi v letech 2002 až 2007 se realizovalo 435 akcí zejména v oblastech zasažených povodní v roce 1997, tedy na řekách Moravě a Odře a v povodí horního Labe. Stavby ochránily před povodněmi více než dvě stě tisíc obyvatel. Celkovou hodnotu ochráněného majetku ministerstvo vyčíslilo na 245 miliard korun. Efekty současné druhé etapy programu budou vyhodnoceny až v roce 2013, kdy skončí.
Již v současné době ministerstvo zvažuje třetí etapu programu po roce 2013. Ta by měla být zaměřena na posílení schopnosti zadržovat vodu podél vodních toků a využití prostorů k řízeným rozlivům v poldrech včetně úprav v krajině.
Od roku 2003 stát podpořil 3,3 miliardami korun také odbahňování a rekonstrukci rybníků a výstavbu vodních nádrží. V první etapě programu, v letech 2003 až 2007, na tyto účely směřovalo 2,1 miliardy korun. Od roku 2007 do konce loňského roku pak 1,2 miliardy. Zhruba 2,8 miliardy je v rámci programu připraveno na následující čtyři roky. Oba hlavní programy jsou doplněny o realizaci pozemkových úprav, které mají pomoci s přípravou staveb. Na ně má v letech 2007 až 2013 jít celkem miliarda korun.
Peníze na oba protipovodňové programy mají být uhrazeny převážně z úvěru, které stát získal od Evropské investiční banky. Část nákladů pokryjí výnosy z privatizace státního majetku, na financování se podílí také státní rozpočet, územní rozpočty a fondy EU.