Komerční pěstování geneticky modifikované kukuřice se v České republice prozatím odkládá. Firmě Monsanto ČR s. r. o. se totiž nelíbilo, jakým způsobem rozhodlo ministerstvo životního prostředí o její žádosti uvést geneticky modifikovanou kukuřici do oběhu a podala ve věci rozklad. Stejný krok učinila tuzemská sekce organizace Greenpeace, ačkoliv její námitky byly jiného rázu.
Monsanto požádalo o zápis Bt – kukuřice MON 810 do Seznamu geneticky modifikovaných organismů a produktů, schválených do uvádění do oběhu v ČR. „Jde o první krok ke komerčnímu pěstování,“ uvedla mluvčí ministerstva Karolina Šůlová. Povolení totiž zahrnuje mimo prodeje v obchodní síti, skladování, či zpracování produktů také zatím velmi kontroverzní volné pěstování. S tím se ale počítá až k roku 2005. Předcházet mu musejí například tříleté státní odrůdové zkoušky, podobně jako je tomu u běžné plodiny. Této odrůdě se však možná vyhnou, protože podle Monsanta je v EU registrována už od roku 1996 a ministerstvo na svých stránkách tvrdí, že v takovém případě vstupem do unie povinnost registrace u ÚKZUZ odpadne. V České republice je zatím do oběhu schválena jako jediná Roundup Ready sója, kterou lze ale pouze dovážet pro zpracování. Spotřebitelé ji v současné době již běžně konzumují, ač o tom zpravidla nemají ani tušení. Ministerstvo totiž v roce 2002 testovalo sójové boby a maso, celkem 17 % vzorků podle výsledků obsahovalo malý podíl GM sóji.
U výše zmíněné GM kukuřice Česká komise pro nakládání s GMO doporučila ministerstvu žádost ke schválení s tím, že modifikovaná plodina „nepřináší ať již přímo či nepřímo zvýšené riziko ohrožení zdraví člověka, zvířat, narušení ekosystémů či biologické rozmanitosti.“ Následné rozhodnutí ministerstva je zatím vzhledem k probíhajícímu správnímu řízení neveřejné, ale podle tiskové mluvčí Monsanta Miluše Kusendové neslo určité „omezující podmínky,“ které ale nespecifikovala. Ty vedly firmu k podání rozkladu proti rozhodnutí komise.“Ministr životního prostředí Libor Ambrozek vrátil podklady odboru environmentálních rizik svého úřadu," řekl mluvčí Jakub Kašpar. Jak dlouho bude trvat nové posuzování, nebyl schopen odhadnout.
Pěstování GMO vadí především ekologickým zemědělcům. Pokud by se totiž v jejich produkci zjistily modifikované geny, hrozí jim ztráta registrace, pokuty a vrácení dotace.