Ministerstvo zemědělství bude do péče o vody v ěské republice investovat do roku 2010 zhruba 120 miliard korun. Největší položkou mají být investice do splnění požadavků na ochranu životního prostředí, zejména do čistíren odpadních vod, na něž by mělo jít asi 75 miliard korun.
Přibližně 40 procent z této sumy by mohly při plném čerpání pokrýt fondy EU, o zbytek se bude muset podělit státní rozpočet a soukromí investoři. Aby Česko splnilo požadavky EU, bude třeba vybudovat či upravit řádově několik stovek čistíren. Podle předpisů EU musí mít obce nad 2000 obyvatel odkanalizování a čistění odpadních vod. Města nad 10.000 obyvatel musí odpadní vody přiměřeně čistit od dusíku a fosforu. Obce by přitom nesly případné sankce za nedodržení stanovených standardů. Další část investic do vodního hospodářství představuje prevence před povodněmi a odstraňování již způsobených škod, péče o drobné vodní toky a také náklady na uskutečnění některých programů, jako je například ochrana vod před dusičnany. Podle ministra zemědělství Jaroslava Palase má program prevence povodní dvě etapy. První s náklady 4,15 miliardy korun skončí v roce 2005 a zaměřuje se na území postižená záplavami v letech 1997 až 2000. Další etapa bude následovat v roce 2006 a bude řešit následky povodní v roce 2002. Její financování ještě není plně zajištěno, ale mělo by jít o podobnou sumu jako v první fázi.