Problémy v životním prostředí a sociální, které způsobují biopaliva, jsou podle komisaře při životní prostředí Stavrose Dimase větší, než se Brusel původně domníval. Podle vědeckých studií totiž biopaliva nepřispívají k boji proti klimatickým změnám, ba naopak jejich rostoucí využívání působí velké škody a mimo jiné vede k růstu cen zemědělské produkce a potravin. Podle studie vědeckého týmu vedeného laureátem Nobelovy ceny Paulem J. Crutzenem mají biopaliva horší dopad na klima než fosilní zdroje.
Při spalování biomasy se může produkovat až o 70 procent více skleníkových plynů než při použití paliva z ropy. Je to kvůli tomu, že při pěstování biomasy se používají potřebná dusíkatá hnojiva. Spalování produktů z plodin tak vede k tomu, že se uvolňuje oxid dusný, známý pod označením rajský plyn. Tento plyn má asi 300krát vyšší skleníkový účinek než oxid uhličitý. Kromě toho podpora pěstování surovin na biopaliva prý značně přispívá k ničení krajiny. Komisař Dimas dostal minulý týden varovný dopis od zástupců neziskových organizací, které ho varují před neuváženými kroky. Evropská legislativa podle nich musí myslet na ochranu důležitých ekosystémů, jakými jsou savany nebo louky. Zničení těchto území, které přirozeně pohlcují oxid uhličitý, by mohlo v konečném důsledku vést k vyšším emisím, což by nakonec zlikvidovalo výhody z navyšování podílu biopaliv. Autoři dopisu zároveň upozorňují, že podpora biopaliv může způsobit zdražení potravin a potíže v zásobování vodou. Komisař připustil, že pro unii by bylo rozumnější nedodržet cíl, který si dala, tj. do roku 2020 nahradit deset procent fosilních biopalivy. Je otázkou, jak se unie opravdu zachová a zda vezme zmíněná varování vážně.