Systém implementace Programu rozvoje venkova je přes dílčí nedostatky kontrolních mechanismů ministerstva zemědělství hodnocen jako v zásadě funkční a účinný. U příjemců byla zjištěna zejména pochybení v zadávání veřejných zakázek či pochybení spočívající v uplatňování nezpůsobilých výdajů. Uvedl to Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) ve své zprávě o finančním řízení prostředků Evropské unie v České republice.
V období let 2007 až 2012 Nejvyšší kontrolní úřad provedl osm kontrolních akcí zaměřených na společnou zemědělskou nebo společnou rybářskou politiku, z toho se čtyři kontrolní akce zaměřily na projektová opatření a zbylé čtyři na nárokové platby a ostatní podpory. Těmito kontrolami byly pokryty všechny finančně významné oblasti těchto politik.
V roce 2012 NKÚ schválil kontrolní z kontrolní akce zaměřené na opatření určená na zlepšování kvality života ve venkovských oblastech, které jsou podporovány z osy III Programu rozvoje venkova. Kontrola NKÚ ověřila administraci, realizaci a proplacení 36 projektů, na které byly formou dotací vyplaceny prostředky ve výši 301,2 milionu korun, to je asi 4,4 procenta z celkové částky vyplacené v rámci osy III PRV. Rovněž se zabývala nastavením pravidel PRV.
Při kontrolní akci byla odhalena pochybení v celkové výši 8,31 milionu korun , což představuje asi 2,8 procenta kontrolovaného objemu. Kontrolou u příjemců bylo mimo jiné zjištěno pochybení při realizaci zadávacích řízení a ve dvou případech uplatnění daně z přidané hodnoty v celkové výši 3,55 milionu korun, přestože u plátce DPH šlo o nezpůsobilý výdaj. Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) tím porušil rozpočtovou kázeň, a to ve stejné výši. Rovněž bylo zjištěno porušení zákona o účetnictví v důsledku nesprávného účtování o majetku pořízeném z dotace. SZIF nesprávně obodoval jeden projekt a přidělil mu více bodů, než na kolik měl příjemce nárok. V případě řádně provedeného bodování by tento projekt nebyl k financování vybrán. V důsledku chyby byly neoprávněně vyplaceny peněžní prostředky ve výši 4,32 milionu korun, čímž se SZIF dopustil porušení rozpočtové kázně a nesrovnalosti. Přesto NKÚ hodnotil tento sytém jako funkční.
Opakující se chyby Z dlouhodobého pohledu výsledky kontrol NKÚ ukazují na opakující se nedostatky v hodnocení projektů zejména z hlediska účelnosti, hospodárnosti a efektivnosti a na problémy v monitorování plnění cílů a dosaženého pokroku při realizaci programů a projektů. Nedostatky přetrvávají i v nastavení systémů kontroly a dohledu, a to zejména ve vztahu k jejich účinnosti a spolehlivosti.
Podle NKÚ kontrolní systémy Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF) a ministerstva zemědělství nejsou však plně spolehlivé a účinné. Ministerstvo dlouhodobě neodstraňuje některé nedostatky zjištěné NKÚ a nepřijímá nápravná opatření. Šlo zejména o nedostatky týkající se nastavení monitorovacích indikátorů na úrovni projektů a mechanismů výběru projektů k financování, nastavení kontroly přiměřenosti výdajů nebylo dostatečné a způsobilé zajistit, aby uplatněné výdaje projektů byly v souladu se zásadami hospodárnosti, účinnosti a efektivity.
Chybovalo se i v OP Rybářství
Systém hodnocení a výběru projektů u operačního programu Rybářství nebyl v souladu se zásadou řádného finančního řízení, to je v souladu s kritérii efektivnosti, hospodárnosti a účelnosti. Monitorování plnění cílů a dosaženého pokroku při realizaci programů a projektů je prováděno na základě nevhodně stanovených monitorovacích indikátorů. Příjemci podpor účelově rozdělovali investiční projekty do menších celků. Tím neoprávněně získali vyšší částku dotace, než by mohli získat na jeden nerozdělený projekt.
U nárokových plateb však podle NKÚ nebyly zjištěny skutečnosti, které by svědčily o výskytu významných nesprávností v poskytování nebo použití těchto plateb.Prostředky určené k úhradě nákladů intervencí a vývozních subvencí byly v zásadě poskytnuty a použity v souladu se stanovenými podmínkami.
Mírný pokles prostředků Společná zemědělská politika spolu se společnou rybářskou politikou patří mezi politiky financované v rámci rozpočtu Evropské unie z výdajové kapitoly Ochrana přírodních zdrojů a hospodaření s nimi. Tato kapitola se podílela na celkových výdajích rozpočtu EU za rok 2011 přibližně 44,3 procenta a představovala jeho nejvýznamnější položku. Výdaje v rámci společné zemědělské politiky jsou hrazeny především z Evropského zemědělského záručního fondu, který poskytuje prostředky na opatření přímé podpory a na tržní opatření, dále jsou hrazeny z Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova, který spolufinancuje programy rozvoje venkova. Výdaje na společnou rybářskou politiku jsou financovány z Evropského rybářského fondu.
V roce 2011 bylo v České republice v rámci společné zemědělské politiky vyplaceno 36,27 miliardy korun, z toho prostředky EU činily přibližně 29,28 miliardy korun a národní podíl představoval zhruba 6,99 miliardy korun. V roce 2012 bylo v ČR v rámci společné zemědělské politiky vyplaceno 35,65 miliardy korun, z toho prostředky Evropské unie dosáhly přibližně 31,27 miliardy korun a prostředky České republiky asi 4,38 miliardy korun. Celkový objem vyplacených peněžních prostředků na oblast společné zemědělské politiky v letech 2011 a 2012 pokračoval v trendu mírného meziročního poklesu, jenž trvá již tři roky. Finančně nejvýznamnější oblastí výdajů zůstávají přímé platby, které meziročně vzrostly o zhruba deset procent. Na druhém místě je následuje Program rozvoje venkov, u nějž však v posledních dvou letech docházelo k poklesu výdajů.
