V letech 2004 až 2008 se soustředila kontrola Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) na použití prostředků z evropských operačních programů Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství (RVMZ) a Rybářství. Při prověrce projektů programu RVMZ odhalil kontrolní úřad nedostatky ve výši 6,6 milionu korun, což představuje přes 23 procent kontrolovaného objemu. Kontrolní úřad zjistil nedostatky v proplacení výdajů. Nebyly při tom splněny požadavky předepsané Evropskou unií. U projektů programu Rybářství vyčíslili kontroloři chyby na 17,6 milionu korun, to je skoro deset procent kontrolovaného objemu.
Ministerstvo zemědělství nepostupovalo podle prezidenta NKÚ Františka Dohnala v souladu se zákonem také u veřejné zakázky na podporu spotřeby sladkovodních ryb Ryba domácí. Hodnota této zakázky činila téměř 150 milionů korun, uvedl.
Nedostatkem podle něj je, že řídicí a kontrolní systémy nezajišťovaly hospodárnost a účinnost poskytnuté pomoci. Dosažené hodnoty dostupných ukazatelů zároveň nesvědčí o úspěšném naplnění cílů podpory rybářství realizované prostřednictvím operačního programu Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství v programovém období 2004 až 2006, konstatoval Dohnal.