Nejvyšší kontrolní úřad zjistil při kontrole nedostatky ve financování pozemkových úprav v letech 2003 až 2006. Kvůli menšímu objemu peněz z národních zdrojů se nedodržel počet zahajovaných pozemkových úprav, s výjimkou roku 2004. Chybějící peníze v rozpočtu se řešil převodem prostředků z Pozemkového fondu ČR, který v roce 2005 činil dvě stě milionů korun a v roce 2006 pět set milionů korun. Na druhé straně však nebyl využit zákonem stanovený limit pro čerpání finančních prostředků Pozemkového fondu na pozemkové úpravy. Informoval o tom prezident Nejvyššího kontrolního úřadu František Dohnal.
Nejvyšší kontrolní úřad poukázal na nesprávné vedení účetnictví. Podle Dohnala ministerstvo zemědělství nevedlo v letech 2005 a 2006 v účetnictví pohledávky za zdroji Evropské unie v souvislosti s financováním pozemkových úprav z operačního programu. K 31. prosinci 2005 činily tyto pohledávky přes 154 milionů korun.
Účelem pozemkových úprav je obnovit pořádek ve vlastnictví a evidenci pozemků. Doprovázejí je například protipovodňová a protierozní opatření nebo budování polních cest. Dokončeny jsou jen z menší části. Jejich dokončení se údajně předpokládá za více než dvacet let.