Na ochranu vod před dusičnany bude třeba v zemědělství investovat přibližně 5,35 miliardy korun. Tyto finance mají sloužit k dostavbě nebo obnově skladovacích prostor pro statková hnojiva a na úpravu stájí. Předpokládaná částka vychází z šetření u podniků hospodařících ve zranitelných oblastech. Aktualizovanou strategii financování nitrátové směrnice Evropské unie má dnes projednat vláda. Požadavky směrnice by měli zemědělci splnit do roku 2007.
Materiál dále odhaduje neinvestiční náklady na 25,7 milionu korun ročně. Ty mají posloužit ke splnění administrativních a technických požadavků nitrátové směrnice.
Ochrana vod před dusičnany bude pro rolníky velmi náročná, soudí předseda Zemědělského svazu Miroslav Jirovský. Proto svaz požádal o oddálení termínu pro splnění nitrátové směrnice až na počátek roku 2009.