Mnoho opatření Evropské komise vnímá Potravinářská komora ČR jako znevýhodnění nových členských zemí. V některých případech však za horší podmínky mohou naše vlastní zákony.
Skutečnost, že bez integrovaného povolení budou muset podle zákona zhruba za rok skončit některé podniky, ohrožuje podle Potravinářské komory ČR (PK) naše potravinářství a zemědělství možná více, než samotný vstup do Evropské unie. Komora přitom poukazuje na zbytečně přísná pravidla, která dalo ministerstvo životního prostředí do zákona vycházejícího z evropské směrnice. Příkladem je podle Josefa Sajdla, vedoucího legislativního oddělení komory, jednoznačné určení, že směrodatná je projektovaná kapacita, zatímco směrnice povoluje i kapacitu skutečně provozovanou. Některé členské země mají odklad této povinnosti do roku 2010. Nevýhodně jsou podle komory nastavena pro naše potravinářské podniky pravidla nového Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova (EAFRD). Podle nich bude podpora směřovat k mikropodnikům a malým a středním nezávislým subjektům. Za těchto podmínek jak uvedl ředitel komory Miroslav Koberna, spousta našich potravinářských podniků na peníze z fondu nedosáhne. Komora proto jednala s ministryní zemědělství Milenou Vicenovou o možnosti vypsání ještě jednoho kola na projekty opatření 1.2 z dobíhajícího operačního programu Rozvoj venkova a multifunkční zemědělství. Komora je znepokojena i signály komise o záměru zakázat nebo značně omezit státní podpory na propagaci domácích potravin. Toto nebezpečí přichází podle prezidenta komory Jaroslava Camplíka v době, kdy se značka Klasa dobře rozjíždí a kdy právě díky masivní reklamě oslovuje stále více konzumentů. Přitom státy původní patnáctky, například Rakousko, Irsko, Španělsko a Finsko, daly do podpory vlastních potravin několikanásobně více prostředků než ČR. Stoupajícímu dovozu mohou naši potravináři čelit jen lepší reklamou a orientací na trh třetích zemí. Se svou žádostí o unijní podporu propagačních akcí zaměřených na třetí země však komora v Bruselu neuspěla.
Potravinářům se nelíbí ani Evropskou komisí zamýšlené zvýšení spotřební daně na alkohol, které by ale nemělo postihnout víno. K tomu přistupuje i další bruselský nápad dávat na etikety alkoholických nápojů podobně jako na cigarety varovné upozornění. K tomu se přidružuje i představa, že by se alkoholické nápoje měly prodávat jen ve speciálních obchodech. Podobné omezení zavedlo Finsko či Norsko. Výsledkem nebyl pokles konzumace alkoholu, ale pokoutní výroba lihovin pochybné jakosti, které zdraví konzumentů ohrožují daleko více.
