V České republice se již od roku 2005 pěstuje geneticky modifikovaná kukuřice, tzv. Bt-kukuřice typu MON810. V posledních dvou letech však dochází ke strmému poklesu produkčních ploch. Zatímco V roce 2005 pěstitelé oseli geneticky modifikovanou Bt-kukuřicí plochu o celkové velikosti 150 hektarů. V následujících letech došlo k nárůstu ploch až na 8380 ha (v roce 2008), ale v roce 2009 celková plocha Bt-kukuřice poklesla na 5745 ha a snížil se i počet pěstitelů, konkrétně z 171 na 125. Letos je pokles ploch opět velice strmý, a sice na 3952,68 ha.
Podle Marie Křístkové z ministerstva zemědělství pokles ploch s takzvanou Bt kukuřicí, která je odolná proti škůdci zavíječi, urychlilo nepříznivé počasí v době plánovaného výsevu plodiny. Za snížením je i větší pokles poptávky po této kukuřici, než se na jaře očekávalo. Definitivní čísla o osevech budou k dispozici v září. Podle MZe snižují odbyt Bt kukuřice mimo jiné klesající stavy dobytka, pro nějž slouží jako krmivo, i obavy chovatelů o odbyt mléka od krav krmených touto kukuřicí. Pěstování geneticky modifikovaných plodin je administrativně náročně a předpisy vyžadované oddělení produkce GMO a obyčejných plodin technologicky komplikované. Osivo Bt kukuřice je navíc dražší než osivo klasické. Tisková mluvčí organizace Greenpeace ČR Lucie Jakešová uvedla, že hlavním důvodem poklesu jsou problémy s odbytem geneticky modifikované kukuřice, kterou je nutno oddělovat od konvenční produkce a označovat jako geneticky modifikovaný organismus (GMO). „Letošní údaje o výměře geneticky modifikovaný plodin potvrzují jasný trend, že zájem o GM-kukuřici rapidně klesá,“ komentovala zveřejněný seznam Magdalena Klimovičová z Greenpeace ČR a doplnila: „Někteří pěstitelé zaznamenali v minulosti dokonce i snížení výnosu Bt-kukuřice oproti konvenčním hybridům. Pěstování této GM plodiny má tedy řadu záporných stránek a propagované výhody zřejmě zemědělce doposud příliš nepřesvědčily.“ Mezi ty nejdůležitější praktické problémy patří jak administrativní zátěž a vysoká cena osiva, tak i omezené uplatnění produkce na trhu. Bylo dokonce zaznamenáno i zaorání plochy oseté Bt-kukuřicí. Většina pěstitelů zkrmuje produkci Bt-kukuřice v rámci vlastního podniku, aby se vyhnula problémům se značením a ztíženým odbytem. Mnoho odběratelů dnes vzhledem k odmítavému postoji řady spotřebitelů požaduje certifikát potvrzující, že mléko, maso a vejce pocházejí ze zvířat, která nebyla krmena geneticky modifikovanými plodinami. V potravinářství se proto Bt-kukuřice příliš nevyužívá Zemědělci tak GM kukuřici buď zkrmí přímo na svých farmách, anebo ji dodávají na výrobu bioplynu a ethanolu. Od roku 2004 platí v EU přísnější pravidla pro označování produktů GM plodin, potravin i výrobků (např. olejů či krmiv), přičemž v zemědělské i následné zpracovatelské praxi to znamená, že s geneticky modifikovanou plodinou je nutné nakládat odděleně od ostatní produkce a sledovat ji i dále v celém výrobním řetězci. V rámci výrobního procesu je nutné zajistit koexistenci všech typů zemědělství (GM, konvenčního i ekologického) tak, aby se produkty z těchto systémů nemísily a nedošlo ke kontaminaci, přičemž v EU je stanovena mez tolerované příměsi 0,9 %.
Pěstitelé geneticky modifikovaných plodin tudíž musí dodržovat řadu stanovených povinností. Každý pěstitel GM plodiny v ČR je povinen v předstihu záměr GM plodinu pěstovat ohlásit tak, aby tyto informace byly dostupné sousednímu pěstiteli, a následně pak ohlašuje i její skutečné vysetí jak ministerstvu zemědělství, tak ministerstvu životního prostředí.
Opatření koexistence jsou reakcí na vlastnost rostlin rozšiřovat svůj genetický materiál do okolí a způsobovat tak jeho kontaminaci. Proto byly stanoveny určité specifické minimální vzdálenosti, které pěstitel GM plodiny musí dodržet vůči porostu s plodinou, která není geneticky modifikována. Tyto vzdálenosti mohou být částečně nahrazeny obsevem , tj. bariérou tvořenou stejnou, ale nemodifikovanou plodinou.
Pěstitel musí také vést evidenci týkající se veškerého nakládání s GM plodinou a jejím produktem a uchovávat ji po dobu minimálně 5 let. Zásadním opatřením koexistence je označení sklizeného produktu jako GMO v případě, že se tento produkt dále uvádí do výrobního řetězce a není spotřebován pěstitelem přímo v podniku (např. ke krmení hospodářských zvířat nebo k výrobě bioplynu či bioetanolu).
