Přestože je v České republice v současné době zatížení životního prostředí zemědělstvím na nižší úrovni než v zemích Evropské unie, dodržování ekologické legislativy bude po vstupu naší země do unie působit řadu problémů nejen zemědělským podnikům, ale také vedení jednotlivých obcí na venkově.
Podle informací Jiřího Felčárka odboru komunikace MZe se od roku 1989 u nás situace v oblasti ochrany životního prostředí výrazně zlepšila. Jednak je to důsledek lepšího využití chemických látek vstupujících do zemědělské výroby z ekonomických důvodů a kvůli přísnější legislativě, a jednak se také změnilo v pozitivním smyslu myšlení lidí. Na znečištění půdy, vod a ovzduší se podílí zemědělství zhruba 15 až 20 procenty z celkového vlivu lidské činnosti na přírodu. Jde především o nitráty, rezidua pesticidů a hnojiv, těžké kovy, oxidy dusíku, amoniak z chovu přežvýkavců, a další. Největší problémy zemědělcům z hlediska ochrany životního prostředí působí v rostlinné výrobě nároky na skladování a používání chemických látek. V živočišné výrobě pak zejména skladování a využití živočišných odpadů, tedy hnoje, močůvky, apod. Potravinářské podniky podobně jako mnoho obcí se nejvíce potýká s požadavky na čističky odpadních vod.
Evropská unie neposkytuje v přístupové smlouvě České republice žádné přechodné období, které by umožnilo rozložit realizaci opatření na ochranu životního prostředí do delšího časového období. Podle neoficiálních údajů ministerstva životního prostředí by mělo být v následujících letech potřeba zhruba 280 miliard korun na "ekologizaci" veškerého tuzemského průmyslu a výroby. Většina podniků se ale zatím touto otázkou v širším časovém horizontu nezabývá a snaží se plnit především to, co se po nich žádají ze dne na den. Suma potřebná na ekologická opatření, se tak může v budoucnu ještě zvýšit. Jenom pro splnění předpisů zaměřené na prevenci a omezení průmyslového znečištění (IPPC), bude ročně podle ministerstva zemědělství potřeba zhruba 11 miliard korun, a s dalšími 5,6 miliardy ročně je nutno počítat na splnění nitrátové směrnice. Nelze podceňovat ani náklady spojené s odpadovým hospodářstvím a prostředky, které půjdou na ochranu kvality ovzduší.
Podle vrchního ředitele sekce vodního hospodářství MZe Pavla Punčocháře si splnění požadavků EU na ochranu životního prostředí v oboru vodovodů a kanalizací vyžádá investice zhruba za 75 miliard korun. Na této sumě by se podle představ ministerstva měly podílet z jedné třetiny až 40 procent unijní fondy, zejména kohezní fond. Menší obce se však budou muset v projektech na výstavbu čistíren odpadních vod sdružovat, aby dosáhly na evropské peníze. U kohezního fondu je totiž minimální limit investice na jednu akci deset milionů eur (330 milionů Kč). Zemědělství a venkovu obecně pomohou při ekologických opatřeních také programy z Horizontálního plánu rozvoje venkova (HRDP), Operačního programu rozvoj venkova a multifunkčního zemědělství, podpůrné programy ministerstva životního prostředí, případně dotační tituly pro ekologické zemědělství.
Dodržování ochrany životního prostředí bude i po vstupu do EU stát kontrolovat tak, jako nyní, k tom však ještě přibudou kontroly z unie a sankce za porušování předpisů budou pro podniky tvrdé. K těm mírnějším bude patřit snížení nebo odebrání dotací pro daný rok, kdy byla zjištěna závada, případně zpětně za celé období, kdy nebylo hospodařeno v souladu s danými pravidly. Přísnějším trestem bude nevydání "dekretu" IPPC. Takový podnik pak nebude moci vůbec vyrábět.
Informace o tom, jaké podmínky a normy v oblasti ochrany životního prostředí bude muset zemědělský podnik plnit, lze podle Felčárka najít na internetu nebo je zjistit osobně například na ministerstvu zemědělství nebo ministerstvu životního prostředí, v Ústavu zemědělských a potravinářských informací (ÚZPI), v Českém ekologickém ústavu nebo ve Výzkumném ústavu zemědělské techniky, který se mimo jiné zabývá i zásadami správné zemědělské praxe. Informace týkající ekologického zemědělství jsou průběžně aktualizované na inernetových stránkách MZe, informace k IPPC je možné získat na adrese www.ippc.cz.. Existují i specializovaní poradci, jejichž odbornou způsobilost zaručuje ÚZPI. Informace o jejich akreditaci lze najít na adrese http://81.0.228.45/attachments/akredit_poradcu.rtf .
