Ministerstva zemědělství (MZe)a životního prostředí (MŽP) se přou o to, zda zemědělci budou muset platit za amoniak, který je odpadem ve stájích a uniká do přírody při používání organických hnojiv. Zatímco zpoplatnění produkce amoniaku a určení emisního limitu požaduje návrh zákona o ochraně ovzduší, který schválila vláda na podnět MŽP, MZe tvrdí, že v zemědělství je amoniak produktem živých organismů, a proto považuje zpoplatnění jeho emisí za neetické. Podle MZe také podobná praxe není ani v zemích Evropské unie.