Průběžnými organizačními a personálními změnami ve vedoucích funkcích prochází ministerstvo zemědělství.
Nového ředitele má například Ústřední pozemkový úřad, kde Stanislava Jelena po dlouhodobém působení vystřídal Jiří Hladík, který přišel z ministerstva pro místní rozvoj a předtím působil v Agrární komoře ČR. Šéfem odboru Řídící orgán operačního programu zemědělství, který organizačně patří pod náměstka pro vztahy s EU Miroslava Tomana, se stal Pavel Sekáč. Jeho čas přijde hlavně po vstupu do unie, kdy zase skončí svou činnost Řídící orgán pro program Sapard vedený Milenou Vicenovou. Sekáč dosud působil v Agentuře Sapard jako vedoucí oddělení vnějších vztahů. V centru pozornosti zemědělské veřejnosti je pochopitelně budování agrární platební agentury (APA), která bude distribuovat finanční prostředky z Bruselu. Organizačně je APA zařazena pod Agenturu Sapard, jejíž počet odborů se od dubna rozšířil z pěti na sedm. Dvě samostatná oddělení byla povýšena na odbory, a sice odbor regionálních pracovišť vedený Jiřím Vačkářem a odbor vnitřního auditu řízený Martinem Šebestyánem. Josef Vrzáň, který byl donedávna koordinátorem tvorby APA, odchází z ministerstva do soukromé sféry. Jeho agendu převzal Miloš Jirovský, syn předsedy Zemědělského svazu ČR, který se stal ředitelem odboru implementace opatření.
Pravou rukou ministra Palase jsou první náměstek Dušan Vaněk a státní tajemník Pavel Rybníček, který přímo řídí sedm náměstků: ekonomického, pro vztahy s EU, pro lesní hospodářství, pro vodní hospodářství, pro zemědělskou výrobu, pro potravinářskou výrobu a obchod (o obchod se nově rozšiřuje působnost náměstka Rudolfa Jánského), na úrovni náměstka je také generální ředitel Agentury Sapard Petr Buchal. Palas na svém úřadu zaměstnává rovněž tři vlastní poradce. V jejich čele je Magdalena Hrabánková, která se na Těšnov vrátila z Úřadu vlády, kde působila ve Šloufově týmu poradců tehdejšího premiéra Miloše Zemana. Další dva poradce - Jana Málka a Stanislava Marchala – převzal Palas od exministra zemědělství Jana Fencla. Právník Marchal současně nadále pracuje pro Zemědělský svaz ČR.